Chipmærkning foregår ved hjælp af en kanyle, hvori der sidder et stempel. Inde i kanylen sidder mikrochippen (transponder), som skal være ISO-certificeret. Ved indsprøjtning placerer man chippen midt på halsen på overgangen mellem muskel og spækkam. Man har vedtaget, at chippen placeres på hestens venstre side. Smertepåvirkningen svarer til en almindelig indsprøjtning. 

Chipmærkning er blevet mere aktuelt efter offentliggørelse af bekendtgørelse nr 304 af 16. maj 2002 med senere ændringer, om behandling af dyr af hesteslægten med visse lægemidler.

Hvorfor er chipmærkning af heste blevet indført?
Det er for at gøre det muligt at behandle dyr af hesteslægten, det vil sige heste, æsler, muldyr m.v., med nødvendige lægemidler, hvor der ikke foreligger tilstrækkelig dokumentation for, hvornår lægemidlet er ude af dyrets krop. Det er altså et spørgsmål, om hesten kan anvendes til konsum eller ikke. Derfor er chipmærkningssystemet indført.

Hvis dyret behandles med et lægemiddel, hvor der ikke er tilstrækkelig dokumentation for, hvornår medicinen er ude af kroppen, så skal hesten chipmærkes, og dyrlægen skal skriftligt underrette ejeren og Fødevaredirektoratet om, at dyret for stedse bliver udelukket fra at kunne anvendes til konsum. Det betyder, at dyret skal destrueres.

En del heste er af avlsmæssige årsager blevet chipmærket. Hvis chippen på disse dyr kan aflæses med en scanner, så behøver man ikke at chipmærke dyret igen. Skulle chippen være placeret et andet sted end ovenfor beskrevet, så skal Fødevaredirektoratet have underretning om, hvor chippen er placeret.

Hvem underretter Fødevaredirektoratet og ejeren?
Det påhviler dyrlægen, at underrette ejer og Fødevaredirektoratet om, at dyret ikke kan anvendes til konsum. Derfor er der krav om, at dyrlæge-/ejererklæring skal indsendes til direktoratet senest to arbejdsdage efter behandling har fundet sted.

På erklæringerne skal hestens chipmærkenummer skrives og en kopi udleveres til ejer. 

Hvad kan jeg gøre, hvis min erklæring bortkommer?
Hvis ejerens kopi af dyrlæge-/ejererklæring bortkommer, skal en ny dyrlæge-/ejererklæring udfyldes.

Dyrlægens attestation for hestens identitet fastslået ved aflæsning af chipnummeret er nødvendig.

Når dyrlægen indsender erklæringen, anfører dyrlægen, at det er en erstatningserklæring for en tidligere fremsendt erklæring. Formularen skal udfyldes med de krævede oplysninger om ejer og hest, og hvis man har kendskab til den behandling, som har udelukket hesten fra konsum, skal det også oplyses. 

Overtrædelse af bekendtgørelsen straffes med bøde.